Падингтън тръгва за Перу заедно със семейство Браун, за да посети своята леля Люси. Още от началото обаче пътуването се превръща в нова загадка, която ги отвежда далеч в сърцето на Амазония.

В третата част на историята за Падингтън го очаква поредното голямо приключение. Мечето вече неведнъж е поставяло семейство Браун в хаотични и забавни ситуации и сега остава въпросът дали отново няма да се случи същото.

Поводът за пътуването е специален – Падингтън най-накрая получава своя паспорт след дълго чакане. Това събужда в него силно желание да предприеме първото си истинско пътешествие. Когато пристига писмо от родината му, той решава да замине с Браун за Перу.

След пристигането си обаче те се сблъскват с шокираща новина – леля Люси е изчезнала без следа. Единствената улика е стара карта с тайно послание, която ги насочва към нова мисия.

Така започва опасно и вълнуващо пътуване из джунглите на Амазонка и високите върхове на Андите, където те се надяват не само да открият леля Люси, но и да разкрият легендата за изгубения златен град Ел Дорадо.

Историята на Падингтън започва още през 2014 г., когато малкото меченце пристига в Лондон от Перу в търсене на дом. Изгубено и само на гара Падингтън, то намира семейство Браун, които го приемат след като виждат бележката му с молба да се грижат за него. Първоначално всичко изглежда като късмет за Падингтън, но скоро животът му се превръща в поредица от нови предизвикателства, особено когато попада в полезрението на хора, които искат да го отведат в зоологическа градина.