Във втория сезон на Последните оцелели, след събитията в болницата, Джоел прикрива истината за това какво наистина се е случило. Той и Ели вече живеят в относително безопасна общност, където животът започва да прилича на нормален.

Историята се връща към 2003 г., когато гъбичната инфекция Cordyceps започва да се разпространява масово и превръща заразените хора в зомби-подобни същества. Двадесет години по-късно светът все още е в разруха, докато не се появява надежда – Ели, тийнейджърка, която изглежда имунизирана срещу заразата.

Тя тръгва на опасно пътуване из САЩ заедно с контрабандиста Джоел, за да открият учени, които да създадат лек. Но след като опитът за лечение се проваля, Джоел взема крайно решение, за да спаси Ели, което променя съдбата им завинаги.

Години по-късно двамата живеят спокойно, но връзката им е изградена върху тайна – Джоел не казва на Ели истината за случилото се в болницата и за това, че лекарството никога не е било възможно.

Тази крехка хармония се разклаща, когато се сблъскват с нова група оцелели. Междувременно светът остава разделен в морална дилема: по-голямата заплаха ли са заразените чудовища или самите хора, които воюват помежду си.