СпонджБоб решава да докаже, че е смел, и се впуска в приключение, в което преследва мистериозния призрак Летящия холандец. Заедно със своите приятели от Бикини Ботъм, той се озовава в най-голямото и напълно ново кино приключение.

Той винаги се е съмнявал в собствената си смелост и се страхува, че не може да се сравнява с г-н Крабс и останалите подводни герои. Всичко се променя, когато случайно заедно с Патрик призовават страшния пиратски дух – Летящия холандец, известен като най-ужасяващия пират на седемте морета. Призракът взема двамата в своя екипаж с надеждата, че СпонджБоб може да помогне за развалянето на древно проклятие.

По време на пътешествието СпонджБоб и Патрик преминават през редица опасни и забавни изпитания, за да докажат, че в тях се крият истински герои. Когато към тях се присъединяват г-н Крабс, Сквидвард и Гари, започват да излизат наяве важни истини. В крайна сметка всички герои са принудени да се изправят срещу собствените си страхове, за да може мирът и спокойствието в Бикини Ботъм да бъдат възстановени.