В третия сезон историята продължава в една подземна общност от 10 000 души, живеещи в изолация при неизвестни обстоятелства, свързана с далечното минало и произхода на техния свят.

В настоящето Джулиет (Ребека Фъргюсън) оцелява след така нареченото „прочистване“, но се връща без спомени. Докато силозът се възстановява след бунт, се появява нова и все по-застрашителна опасност.

Паралелно журналистката Хелън и конгресменът Даниел попадат на следи от огромна конспирация в миналото. Разкриването ѝ задейства поредица от събития с потенциално катастрофални и необратими последици.