Действието се развива 152 години след събитията от втори сезон. Фондацията вече е значително по-силна и далеч надхвърля първоначалните си скромни граници, докато Империята на Клеонската династия постепенно отслабва. В този променен баланс между двете сили се появява нова и сериозна заплаха – военачалник, известен като Мулето, който се стреми да подчини цялата галактика чрез военна мощ и контрол върху съзнанието.

Благодарение на криогенните капсули, Гаал Дорник и Хари Селдън успяват да оцелеят през десетилетията и да продължат подготовката на Втората фондация за предстоящата криза. Сега, век и половина по-късно, Мулето започва своята разрушителна кампания. Неговата най-опасна способност е да влияе и манипулира мислите на хората, което му позволява бързо да завладява светове като Калган – и това вероятно е само началото.

В същото време самата Империя също е в упадък. Трите клона на владетеля Клеон – Дъск, Дей и Доун – постепенно губят контрол върху галактиката, докато влиянието на Фондацията расте. Балансът между тях никога не е бил толкова нестабилен. Андроидът Демерцел прави тревожни изчисления и стига до извода, че на Империята ѝ остават едва няколко месеца до възможен крах, който може да засегне цялото човечество.

Гаал Дорник и съюзниците ѝ са въвлечени в надпревара с времето, за да намерят начин да спрат Мулето и да предотвратят третата голяма криза, предвидена от плана на Селдън. Всички ключови фигури – Селдън, Гаал, Клеоните и Демерцел – се оказват участници в сложна и потенциално смъртоносна игра на галактически шах, в която изходът може да реши съдбата на цивилизацията.

Паралелно с това продукцията на сериала преминава през различни етапи на забавяния и промени, включително стачките в Холивуд през 2023 г., пренасочване на снимки между Чехия и Полша и организационни размествания в екипа, което допълнително отлага развитието на третия сезон.